日本的《太平记》记载了当时的一段情节：“四十余年间，本朝大乱，外国亦不安宁。乘此动乱，盗贼四起。山贼当路，旅客不敢穿行树林；海盗出没，商船忌遭其毒手而避之。贪得无厌之浪汉，结群聚伙，占据沿海岛屿……盗贼备置数舟，拥向元朝、高丽之港口，劫掠明州、福州之财宝，焚毁官衙、寺院。”

这一记载，说明了倭寇组织就是一些专以杀人越货为业的武装集团。历史上出现过的较大倭寇集团有：宗像氏统辖的内外大岛倭寇，大友氏统辖的丰后沿海倭寇，大内氏统辖的志贺、灶户社岛倭寇，志佐、佐志、田平、呼子等统辖的隐歧、平户各地的倭寇等，其中大内氏所辖的倭寇人数最多，势力最大。后来倭寇竟与邻国的海盗、土匪、逃犯相勾结，所到之处“无噍类”，闹得邻国沿海“无宁岁”。

历史上，曾经有“三岛倭寇”的说法。在日本九州岛北部的长崎这一块，有一个小国叫肥前国。平安时代，日本嵯峨***的后裔嵯峨源氏的源赖光出任肥前守，在就任之后，将其家人、族兄弟等也迁至肥前国。任期五年期满后，源赖光回到日本京都，但是其族人留在了肥前国，这些族人都留在了肥前国的松浦郡，由于源赖光走后，他们和源氏分家，便直接改姓该地的地名，改姓松浦。到了镰仓时代，松浦氏已经成为了割据日本北九州肥前国的庞大日本武士集团，麾下拥有很强大的水军部队。镰仓时代的松浦氏已经由一支变成了一个庞大的家族体系，在肥前国就有四十八个分支，这个武士团体又和其他日本武士家族不大一样，他们平时各家分治，但是遇到战争就统一为一体作战，所以日本将其称为松浦四十八党，也称为松浦党。

此时松浦党还只是肥前国的一支豪族，还不是统领肥前国的国主。但是历任松浦党的家主发现，长崎附近岛屿众多，又距离朝鲜和中国大陆很近，便大力发展水军，很快便打造了一支强大的海上力量。这支力量很快便不满足于日本沿海附近的正常通商，松浦党将第一个目标放到了距离他们最近的朝鲜半岛。根据《高丽史》的记载，1350年2月倭寇第一次登陆朝鲜半岛开始进行掠夺活动。此时正值日本南北朝时期，北朝受足利幕府管制，而南朝奉后醍醐***为正统。此时日本幕府对地方的管制力减弱，松浦党乘势兴起，四处出海劫掠。由于其根据地在对马岛、壹岐岛、平户岛三个岛屿，所以被朝鲜人称为“三岛倭寇”。此时的松浦党是倭寇的主力，松浦党每次出海掠夺，都是有数百名重装武士率领的精锐部队为主，率领大量破产农民和浪人出击。其武器装备精良程度同当时室町幕府最精锐的部队不相上下，这些倭寇不仅在朝鲜半岛掠夺，也常常侵扰中国东南部沿海各省。